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Laura Riva

Researcher
Researcher

Former colleague

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CGS@SEMM Milano

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Via Adamello 16

About

Education:

2004-2007 Politecnico di Milano Ph.D. in Bioengineering
1995-2001 Politecnico di Milano M.Sc. in Biomedical Engineering.

Research Experience: 

Jan 2012-present    Team Leader, Center for Genomic Science of IIT@SEMM, Istituto Italiano di Tecnologia.

Sep 2010-2011    AIRC/Marie Curie PostdoctoralFellow, IEO, Milan. Advisor: Pier Giuseppe Pelicci.

2007-2010    Merck-MIT Postdoctoral Fellow, MIT Department of Biological Engineering, Cambridge (MA). Advisor: Ernest Fraenkel.

2006-2007    Roberto Rocca Doctoral Fellow, MIT Department of Biological Engineering, Cambridge (MA). Advisor: Ernest Fraenkel.

2004-2006    Graduate Student, Politecnico di Milano and San Raffaele Scientific Institute, Milan. Advisors: Giorgio Casari and Sergio Cerutti.

2002-2004    Research Fellow, IRCCS “Eugenio Medea”, Bosisio Parini (Lecco).  

Selected Publications

Ronchini C, Brozzi A, Riva L, Luzi L, Gruszka AM, Melloni GE, Scanziani E, Dharmalingam G, Mutarelli M, Belcastro V, Lavorgna S, Rossi V, Spinelli O, Biondi A, Rambaldi A, Lo-Coco F, di Bernardo D, Pelicci PG. PML-RARA-associated cooperating mutations belong to a transcriptional network that is deregulated in myeloid leukemias. Leukemia. 2017 Jan 20. doi: 10.1038/leu.2016.386. 

D'Alesio C, Punzi S, Cicalese A, Fornasari L, Furia L, Riva L, Carugo A, Curigliano G, Criscitiello C, Pruneri G, Pelicci PG, Faretta M, Bossi D, Lanfrancone L. RNAi screens identify CHD4 as an essential gene in breast cancer growth. Oncotarget. 2016 Oct 13. doi: 10.18632/oncotarget.12646.

Carugo A, Genovese G, Seth S, Nezi L, Rose JL, Bossi D, Cicalese A, Shah PK, Viale A, Pettazzoni PF, Akdemir KC, Bristow CA, Robinson FS, Tepper J, Sanchez N, Gupta S, Estecio MR, Giuliani V, Dellino GI, Riva L, Yao W, Di Francesco ME, Green T, D'Alesio C, Corti D, Kang Y, Jones P, Wang H, Fleming JB, Maitra A, Pelicci PG, Chin L, DePinho RA, Lanfrancone L, Heffernan TP, Draetta GF. In Vivo Functional Platform Targeting Patient-Derived Xenografts Identifies WDR5-Myc Association as a Critical Determinant of Pancreatic Cancer. Cell Rep. 2016 Jun 16. pii: S2211-1247(16)30661-1. doi: 10.1016/j.celrep.2016.05.063

Bossi D, Cicalese A, Dellino GI, Luzi L, Riva L, D'Alesio C, Diaferia GR, Carugo A, Cavallaro E, Piccioni R, Barberis M, Mazzarol G, Testori A, Punzi S, Pallavicini I, Tosti G, Giacó L, Melloni G, Heffernan TP, Natoli G, Draetta GF, Minucci S, Pelicci PG, Lanfrancone L. In Vivo Genetic Screens of Patient-Derived Tumors Revealed Unexpected Frailty of the Transformed Phenotype. Cancer Discov. 2016 Jun;6(6):650-63. doi: 10.1158/2159-8290.CD-15-1200.

Melloni GE*, de Pretis S*, Riva L, Pelizzola M, Céol A, Costanza J, Müller H, Zammataro L. LowMACA: exploiting protein family analysis for the identification of rare driver mutations in cancer. BMC Bioinformatics. 2016 Feb 9;17(1):80. doi: 10.1186/s12859-016-0935-7

Cremona MA, Sangalli LM, Vantini S, Dellino GI, Pelicci PG, Secchi P, Riva L. "​Peak shape clustering reveals biological insights". BMC Bioinformatics. 2015, 16:349. doi: 10.1186/s12859-015-0787-6

de Pretis S, Kress T, Morelli MJ, Melloni GE, Riva L, Amati B, Pelizzola M. “INSPEcT: a Computational Tool to Infer mRNA Synthesis, Processing and Degradation Dynamics from RNA- and 4sU-seq Time Course Experiments”. Bioinformatics. 2015; 31(17):2829-35. doi: 10.1093/bioinformatics/btv288

Belloni E, Veronesi G, Rotta L, Volorio S, Sardella D, Bernard L, Pece S, Di Fiore PP,  Fumagalli C, Barberis M, Spaggiari L, Pelicci PG, Riva L. "Whole-exome sequencing identifies driver mutations in asymptomatic computed tomography-detected lung cancers with normal karyotype". Cancer Genetics. 2015; 08(4):152-5. doi:10.1016/j.cancergen.2015.02.004. 

Bodini M, Ronchini C, Giacò L, Russo A, Melloni GEM, Luzi L, Sardella D, Volorio S, Hasan SK, Ottone T, Lavorgna S, Lo-Coco F, Candoni A, Fanin R, Toffoletti E, Iacobucci I, Martinelli G, Cignetti A, Tarella C, Bernard L, Pelicci PG, and Riva L. "The hidden genomic landscape of acute myeloid leukemia: subclonal structure revealed by undetected mutations" Blood. 2015;125(4):600-5. doi: 10.1182/blood-2014-05-576157.

Mazzarella L, Riva L, Luzi L, Rronchini C, Pelicci PG. "The Genomic and Epigenomic Landscapes of AML". Semin Hematol. 2014 Oct; 51(4):259-72. 

Melloni GEM, Ogier AGE, de Pretis  S, Mazzarella  L, Pelizzola  M, Pelicci PG, Riva L. "DOTS-Finder: a comprehensive tool for assessing driver genes in cancer genomes". Genome Medicine. 2014,6:44; DOI: 10.1186/gm563

Riva L*, Ronchini C*, Bodini M, Lo-Coco F, Lavorgna S, Ottone T, Martinelli G, Iacobucci I, Tarella C, Cignetti A, Volorio S, Bernard L, Russo A, Melloni GEM, Luzi L, Alcalay M, Dellino GI and Pelicci PG. "Acute promyelocytic leukemias share cooperative mutations with other myeloid-leukemia subgroups". Blood Cancer Journal (2013) 3, e147; DOI:10.1038/bcj.2013.46

Riva L*, Koeva M*, Yildirim F, Dinesh D, Mazor T, Pirhaji L, Duennwald ML, Fraenkel E. “Polyglutamine Expanded Huntingtin Dramatically Alters the Genome-Wide Binding of HSF-1”.  Journal of Huntington’s Disease, Volume 1/Issue 1 (2012), DOI 10.3233/JHD-2012-120020.

Riva L*, Luzi L*, Pelicci PG. “Genomics of acute myeloid leukemia: the next generation”. Frontiers in Molecular and Cellular Oncology, Front. Oncol. 2012;2:40. doi: 10.3389/fonc.2012.00040

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Yeger-Lotem E*Riva L*, Su LJ, Gitler AD, Cashikar AG, King OD, Auluck PK, Geddie ML, Valastyan JS, Karger DR, Lindquist S, Fraenkel E. “Bridging high-throughput genetic and transcriptional data reveals cellular responses to alpha-synuclein toxicity”. Nature Genetics. 2009 Mar;41(3):316-23.

Yu M*, Riva L*, Xie H, Schindler Y, Moran TB, Cheng Y, Yu D, Hardison R, Weiss MJ, Orkin SH, Bernstein BE, Fraenkel E, Cantor AB.  “Insights into GATA-1-Mediated Gene Activation versus Repression via Genome-wide Chromatin Occupancy Analysis”. Mol Cell. 2009 Nov;36(4):682-695.

* Joint first-authors

Awards

2013 US patent No. 8612160 entitled IDENTIFYING BIOLOGICAL RESPONSE PATHWAYS was issued

2012 Cariplo grant-ricerca biomedica 2012. Project title: Predictive genomics of treatment response in leukaemia. 

2010 Reintegration AIRC/Marie Curie International Fellowship in Cancer Research

2010 SIPOD-Marie Curie Actions International Mobility Fellowships (reintegration)

2008 Best Poster Award, Merck-MIT Computational & Systems Biology Symposium.

2007 Merck-MIT Postdoctoral Fellowship. Supports cross-disciplinary research that spans fields of science, computation, and engineering related to computational and systems biology.

2006 Roberto Rocca Doctoral Fellowship for Politecnico graduate students with the purpose of spending one year at MIT as Visiting Student.

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I numeri di IIT

L’Istituto Italiano di Tecnologia (IIT) è una fondazione di diritto privato - cfr. determinazione Corte dei Conti 23/2015 “IIT è una fondazione da inquadrare fra gli organismi di diritto pubblico con la scelta di un modello di organizzazione di diritto privato per rispondere all’esigenza di assicurare procedure più snelle nella selezione non solo nell’ambito nazionale dei collaboratori, scienziati e ricercatori ”.

IIT è sotto la vigilanza del Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca e del Ministero dell'Economia e delle Finanze ed è stato istituito con la Legge 326/2003. La Fondazione ha l'obiettivo di promuovere l'eccellenza nella ricerca di base e in quella applicata e di favorire lo sviluppo del sistema economico nazionale. La costruzione dei laboratori iniziata nel 2006 si è conclusa nel 2009.

Lo staff complessivo di IIT conta circa 1440 persone. L’area scientifica è rappresentata da circa l’85% del personale. Il 45% dei ricercatori proviene dall’estero: di questi, il 29% è costituito da stranieri provenienti da oltre 50 Paesi e il 16% da italiani rientrati. Oggi il personale scientifico è composto da circa 60 principal investigators, circa 110 ricercatori e tecnologi di staff, circa 350 post doc, circa 500 studenti di dottorato e borsisti, circa 130 tecnici. Oltre 330 posti su 1400 creati su fondi esterni. Età media 34 anni. 41% donne / 59 % uomini.

Nel 2015 IIT ha ricevuto finanziamenti pubblici per circa 96 milioni di euro (80% del budget), conseguendo fondi esterni per 22 milioni di euro (20% budget) provenienti da 18 progetti europei17 finanziamenti da istituzioni nazionali e internazionali, circa 60 progetti industriali

La produzione di IIT ad oggi vanta circa 6990 pubblicazioni, oltre 130 finanziamenti Europei e 11 ERC, più di 350 domande di brevetto attive, oltre 12 start up costituite e altrettante in fase di lancio. Dal 2009 l’attività scientifica è stata ulteriormente rafforzata con la creazione di dieci centri di ricerca nel territorio nazionale (a Torino, Milano, Trento, Parma, Roma, Pisa, Napoli, Lecce, Ferrara) e internazionale (MIT ed Harvard negli USA) che, unitamente al Laboratorio Centrale di Genova, sviluppano i programmi di ricerca del piano scientifico 2015-2017.

IIT: the numbers

Istituto Italiano di Tecnologia (IIT) is a public research institute that adopts the organizational model of a private law foundation. IIT is overseen by Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca and Ministero dell'Economia e delle Finanze (the Italian Ministries of Education, Economy and Finance).  The Institute was set up according to Italian law 326/2003 with the objective of promoting excellence in basic and applied research andfostering Italy’s economic development. Construction of the Laboratories started in 2006 and finished in 2009.

IIT has an overall staff of about 1,440 people. The scientific staff covers about 85% of the total. Out of 45% of researchers coming from abroad 29% are foreigners coming from more than 50 countries and 16% are returned Italians. The scientific staff currently consists of approximately 60 Principal Investigators110 researchers and technologists350 post-docs and 500 PhD students and grant holders and 130 technicians. External funding has allowed the creation of more than 330 positions . The average age is 34 and the gender balance proportion  is 41% female against 59% male.

In 2015 IIT received 96 million euros in public funding (accounting for 80% of its budget) and obtained 22 million euros in external funding (accounting for 20% of its budget). External funding comes from 18 European Projects, other 17 national and international competitive projects and approximately 60 industrial projects.

So far IIT accounts for: about 6990 publications, more than 130 European grants and 11 ERC grants, more than 350 patents or patent applications12 up start-ups and as many  which are about to be launched. The Institute’s scientific activity has been further strengthened since 2009 with the establishment of 11 research nodes throughout Italy (Torino, Milano, Trento, Parma, Roma, Pisa, Napoli, Lecce, Ferrara) and abroad (MIT and Harvard University, USA), which, along with the Genoa-based Central Lab, implement the research programs included in the 2015-2017 Strategic Plan.