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Eugenia Galeota

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Genomic Science

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CGS@SEMM Milano

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Education

2013: PhD “Cellular and Molecular Biology”. University of Rome Tor Vergata, Advisor G. Cesareni.

2008: MSComputer Science”. University of Salerno, Advisor P. Cicalese

2005: BS “Computer Science”. University of Salerno.

Working experience

2013 Postdoctoral Research Associate. Ospedale San Raffaele, Milano.

2009-2010 Predoctoral Research Associate. University of Rome Tor Vergata, Advisor G. Cesareni.

Projects

Current research activities

  1. Semantic annotation of public data repositories to for the representation and analysis of large-scale epigenomics, transcriptional and regulatory NGS data


Past Research activities

·       Analysis of protein-protein interaction networks and the dynamics of complex formation in self-organizing virtual cells.

·       Data analysis of public datasets to understand the involvment of the immune system in cancer.

Selected Publications

Article: The hierarchical organization of natural protein interaction networks confers self-organization properties on pseudocells.
Eugenia Galeota, Caius Gravila, Filippo Castiglione, Massimo Bernaschi, Gianni Cesareni
 
 
BMC Systems Biology 01/2015; 9 Suppl 3:S3. DOI:10.1186/1752-0509-9-S3-S3 · 2.85 Impact Factor

Article: The MIntAct project--IntAct as a common curation platform for 11 molecular interaction databases.


Sandra Orchard, Mais Ammari, Bruno Aranda, Lionel Breuza, Leonardo Briganti, Fiona Broackes-Carter, Nancy H Campbell, Gayatri Chavali, Carol Chen, Noemi Del-Toro, Margaret Duesbury, Marine Dumousseau, Eugenia Galeota, Ursula Hinz, Marta Iannuccelli, Sruthi Jagannathan, Rafael Jimenez, Jyoti Khadake ,Astrid Lagreid, Luana Licata, Ruth C Lovering, Birgit Meldal , Anna N Melidoni , Mila Milagros , Daniele Peluso,Livia Perfetto, Pablo Porras, Arathi Raghunath, Sylvie Ricard-Blum, Bernd Roechert, Andre Stutz, Michael Tognolli, Kim van Roey, Gianni Cesareni, Henning Hermjakob

Nucleic Acids Research 11/2013

Article:
A new reference implementation of the PSICQUIC web service.

Noemi Del-Toro, Marine Dumousseau, Sandra Orchard, Rafael C Jimenez, Eugenia Galeota, Guillaume Launay, Johannes Goll, Karin Breuer, Keiichiro Ono, Lukasz Salwinski, Henning Hermjakob

Nucleic Acids Research 05/2013

Article: MINT, the molecular interaction database: 2012 update.

Luana Licata, Leonardo Briganti, Daniele Peluso, Livia Perfetto, Marta Iannuccelli, Eugenia Galeota, Francesca Sacco, Anita Palma, Aurelio Pio Nardozza, Elena Santonico, Luisa Castagnoli, Gianni Cesareni

Nucleic Acids Research 11/2011

Article: PSICQUIC and PSISCORE: accessing and scoring molecular interactions

Bruno Aranda, Hagen Blankenburg, Samuel Kerrien, Fiona S L Brinkman, Arnaud Ceol, Emilie Chautard, Jose M Dana, Javier De Las Rivas, Marine Dumousseau, Eugenia Galeota, Anna Gaulton, Johannes Goll, Robert E W Hancock, Ruth Isserlin, Rafael C Jimenez, Jules Kerssemakers, Jyoti Khadake, David J Lynn, Magali Michaut, Gavin O'Kelly, Keiichiro Ono, Sandra Orchard, Carlos Prieto, Sabry Razick, Olga Rigina, Lukasz Salwinski, Milan Simonovic, Sameer Velankar, Andrew Winter, Guanming Wu, Gary D Bader, Gianni Cesareni, Ian M DonaldsonWalter Quattrociocchi, Frederic Amblard, Eugenia Galeota, David Eisenberg, Gerard J Kleywegt, John Overington, Sylvie Ricard-Blum, Mike Tyers, Mario Albrecht & Henning Hermjakob

Nature Methods 06/2011; 8(7):528-529.

Article: Selection in scientific networks
 
Walter Quattrociocchi, Frederic Amblard, Eugenia Galeota

Social Network Analysis and Mining.

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I numeri di IIT

L’Istituto Italiano di Tecnologia (IIT) è una fondazione di diritto privato - cfr. determinazione Corte dei Conti 23/2015 “IIT è una fondazione da inquadrare fra gli organismi di diritto pubblico con la scelta di un modello di organizzazione di diritto privato per rispondere all’esigenza di assicurare procedure più snelle nella selezione non solo nell’ambito nazionale dei collaboratori, scienziati e ricercatori ”.

IIT è sotto la vigilanza del Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca e del Ministero dell'Economia e delle Finanze ed è stato istituito con la Legge 326/2003. La Fondazione ha l'obiettivo di promuovere l'eccellenza nella ricerca di base e in quella applicata e di favorire lo sviluppo del sistema economico nazionale. La costruzione dei laboratori iniziata nel 2006 si è conclusa nel 2009.

Lo staff complessivo di IIT conta circa 1440 persone. L’area scientifica è rappresentata da circa l’85% del personale. Il 45% dei ricercatori proviene dall’estero: di questi, il 29% è costituito da stranieri provenienti da oltre 50 Paesi e il 16% da italiani rientrati. Oggi il personale scientifico è composto da circa 60 principal investigators, circa 110 ricercatori e tecnologi di staff, circa 350 post doc, circa 500 studenti di dottorato e borsisti, circa 130 tecnici. Oltre 330 posti su 1400 creati su fondi esterni. Età media 34 anni. 41% donne / 59 % uomini.

Nel 2015 IIT ha ricevuto finanziamenti pubblici per circa 96 milioni di euro (80% del budget), conseguendo fondi esterni per 22 milioni di euro (20% budget) provenienti da 18 progetti europei17 finanziamenti da istituzioni nazionali e internazionali, circa 60 progetti industriali

La produzione di IIT ad oggi vanta circa 6990 pubblicazioni, oltre 130 finanziamenti Europei e 11 ERC, più di 350 domande di brevetto attive, oltre 12 start up costituite e altrettante in fase di lancio. Dal 2009 l’attività scientifica è stata ulteriormente rafforzata con la creazione di dieci centri di ricerca nel territorio nazionale (a Torino, Milano, Trento, Parma, Roma, Pisa, Napoli, Lecce, Ferrara) e internazionale (MIT ed Harvard negli USA) che, unitamente al Laboratorio Centrale di Genova, sviluppano i programmi di ricerca del piano scientifico 2015-2017.

IIT: the numbers

Istituto Italiano di Tecnologia (IIT) is a public research institute that adopts the organizational model of a private law foundation. IIT is overseen by Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca and Ministero dell'Economia e delle Finanze (the Italian Ministries of Education, Economy and Finance).  The Institute was set up according to Italian law 326/2003 with the objective of promoting excellence in basic and applied research andfostering Italy’s economic development. Construction of the Laboratories started in 2006 and finished in 2009.

IIT has an overall staff of about 1,440 people. The scientific staff covers about 85% of the total. Out of 45% of researchers coming from abroad 29% are foreigners coming from more than 50 countries and 16% are returned Italians. The scientific staff currently consists of approximately 60 Principal Investigators110 researchers and technologists350 post-docs and 500 PhD students and grant holders and 130 technicians. External funding has allowed the creation of more than 330 positions . The average age is 34 and the gender balance proportion  is 41% female against 59% male.

In 2015 IIT received 96 million euros in public funding (accounting for 80% of its budget) and obtained 22 million euros in external funding (accounting for 20% of its budget). External funding comes from 18 European Projects, other 17 national and international competitive projects and approximately 60 industrial projects.

So far IIT accounts for: about 6990 publications, more than 130 European grants and 11 ERC grants, more than 350 patents or patent applications12 up start-ups and as many  which are about to be launched. The Institute’s scientific activity has been further strengthened since 2009 with the establishment of 11 research nodes throughout Italy (Torino, Milano, Trento, Parma, Roma, Pisa, Napoli, Lecce, Ferrara) and abroad (MIT and Harvard University, USA), which, along with the Genoa-based Central Lab, implement the research programs included in the 2015-2017 Strategic Plan.