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Andrea Franceschini

Postdoc
Post Doc
Genomic Science
Research center
Interests
About

I currently work for IIT (Italian Institute of Technology), SEMM division, at the IIT-IFOM-IEO campus.

I am involved in the R&D of several bioinformatics projects (see below).

Besides, I am constantly engaged in supporting/analyzing experimental data of several biological labs.

 

PREVIOUS

  • 2012-2016 responsible for the bioinformatics analysis of several pathogen Genome Wide siRNA screens performed in Switzerland (UZH, ETH, Novartis Biozentrum), in the context of SystemsX (http://www.systemsx.ch/)
  • 2010-2015 responsible (R&D) for the STRING protein-protein interaction database: http://www.string-db.org  (Swiss Institute of Bioinformatics).
  • 2008-2010 bioinformatician at the SIB (Swiss Institute of Bioinformatics).
  • 2007-2008 java software developer at REPLY s.p.a.
Education

Title: Master in Computer Science and Bioinformatics
Institute: University of Illinois
Location: null
Country: USA
From: 2005 To: 2007

Title: Bachelor in Computer Engineering
Institute: Politecnico di Milano
Location: Milano
Country: Italy
From: 2000 To: 2005

Title: Courses of Genetics, Molecular Biology, Bioinformatics and Chemistry
Institute: Università degli Studi di Milano
Location: Milano
Country: Italy
From: 2004 To: 2005

All Publications
2016
Franceschini A., Lin J., Von Mering C., Jensen L.J.
SVD-phy: Improved prediction of protein functional associations through singular value decomposition of phylogenetic profiles
Bioinformatics, vol. 32, (no. 7), pp. 1085-1087
2016
Bultet L.A., Aguilar-Rodriguez J., Ahrens C.H., Ahrne E.L., Ai N., Aimo L., Akalin A., Aleksiev T., Alocci D., Altenhoff A., Alves I., Ambrosini G., Pedone P.A., Angelino P., Anisimova M., Appel R., Argoud-Puy G., Arnold K., Arpat B., Artimo P., Ascencao K., Auchincloss A., Axelsen K., Gerritsen V.B., Bairoch A., Bansal P., Baratin D., Barbato A., Barbie V., Barras D., Barreiro M., Barret S., Bastian F., Neto T.B., Baudis M., Beaudoing E., Beckmann J.S., Bekkar A.K., Ben Hamida Cammoun L., Benmohammed S., Bernard M., Bertelli C., Bertoni M., Bienert S., Bignucolo O., Bilbao A., Bilican A., Blank D., Blatter M.-C., Blum L., Bocquet J., Boeckmann B., Bolleman J.T., Bordoli L., Bosshard L., Bouchet G., Bougueleret L., Boutet E., Bovigny C., Bratulic S., Breuza L., Bridge A.J., Britan A., Brito F., Frazao J.B., Bruggmann R., Bucher P., Burdet F., Burger L., Cabello E.M., Gomez R.M.C., Calderon S., Cannarozzi G., Carl S., Casas C.C., Catherinet S., Perier R.C., Charpilloz C., Chaskar P.D., Chen W., Pepe A.C., Chopard B., Chu H.Y., Civic N., Claassen M., Clottu S., Colombo M., Cosandier I., Coudert E., Crespo I., Creus M., Cuche B., Cuendet M.A., Cusin I., Daga N., Daina A., Dauvillier J.O., David F., Davydov I., De Sa Ricca Manadelo Ferreira M., De Beer T., De Castro E., De Santana C., Delafontaine J., Delorenzi M., Delucinge-Vivier C., Demirel O., Derham R., Dermitzakis E.M., Dib L., Diene S., Dilek N., Dilmi J., Domagalski M.J., Dorier J., Dornevil D., Dousse A., Dreos R., Duchen P., Roggli P.D., Duperret I.D., Durinx C., Duvaud S., Engler R., Erkek S., Lopez P.E., Estreicher A., Excoffier L., Fabbretti R., Falcone J.-L., Falquet L., Famiglietti M.L., Ferreira A.-M., Feuermann M., Filliettaz M., Flegel V., Foucal A., Franceschini A., Fucile G., Gaidatzis D., Garcia V., Gasteiger E., Gateau A., Gatti L., Gaudet P., Gaudinat A., Gehant S., Gfeller D., Gharib W.H., Ghraichy M., Gidoin C., Gil M., Gleizes A., Gobeill J., Gonnet G., Gos A., Gotz L., Gouy A., Grbic D., Groux R., Gruaz-Gumowski N., Grun D., Gschwind A., Guex N., Gupta S., Getaz M., Haake D., Haas J., Hatzimanikatis V., Heckel G., Gardiol D.F.H., Hinard V., Hinz U., Homicsko K., Horlacher O., Hosseini S.-R., Hotz H.-R., Hulo C., Hundsrucker C., Ibberson M., Ilmjarv S., Ioannidis V., Ioannidis P., Iseli C., Ivanek R., Iwaszkiewicz J., Jacquet P., Jacquot M., Jagannathan V., Jan M., Jensen J., Johansson M.U., Johner N., Jungo F., Junier T., Kahraman A., Katsantoni M., Keller G., Kerhornou A., Khalid F., Klingbiel D., Komljenovic A., Kriventseva E., Kryuchkova N., Kumar S., Kutalik Z., Kuznetsov D., Kuzyakiv R., Lane L., Lara V., Ledesma L., Leleu M., Lemercier P., Lew D., Lieberherr D., Liechti R., Lisacek F., Lischer H., Litsios G., Liu J., Lombardot T., Mace A., Maffioletti S., Mahi M.-A., Maiolo M., Majjigapu S.R., Malmstrom L., Mangold V., Marek D., Mariethoz J., Marin R., Martin O., Martin X., Martin-Campos T., Mary C., Masclaux F., Masson P., Meier C., Messina A., Lenoir M.M., Meyer X., 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The SIB Swiss Institute of bioinformatics' resources: Focus on curated databases
Nucleic Acids Research, vol. 44, (no. D1), pp. D27-D37
2015
Szklarczyk D., Franceschini A., Wyder S., Forslund K., Heller D., Huerta-Cepas J., Simonovic M., Roth A., Santos A., Tsafou K.P., Kuhn M., Bork P., Jensen L.J., Von Mering C.
STRING v10: Protein-protein interaction networks, integrated over the tree of life
Nucleic Acids Research, vol. 43, (no. D1), pp. D447-D452
2014
Meier R., Franceschini A., Horvath P., Tetard M., Mancini R., von Mering C., Helenius A., Lozach P.-Y.
Genome-wide small interfering RNA screens reveal VAMP3 as a novel host factor required for uukuniemi virus late penetration
Journal of Virology, vol. 88, (no. 15), pp. 8565-8578
2014
Franceschini A., Meier R., Casanova A., Kreibich S., Daga N., Andritschke D., Dilling S., Ramo P., Emmenlauer M., Kaufmann A., Conde-Alvarez R., Low S.H., Pelkmans L., Helenius A., Hardt W.-D., Dehio C., Von Mering C.
Specific inhibition of diverse pathogens in human cells by synthetic microRNA-like oligonucleotides inferred from RNAi screens
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 111, (no. 12), pp. 4548-4553