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Publications
2016
Franceschini A., Lin J., Von Mering C., Jensen L.J.
SVD-phy: Improved prediction of protein functional associations through singular value decomposition of phylogenetic profiles
Bioinformatics, vol. 32, (no. 7), pp. 1085-1087
2016
Bultet L.A., Aguilar-Rodriguez J., Ahrens C.H., Ahrne E.L., Ai N., Aimo L., Akalin A., Aleksiev T., Alocci D., Altenhoff A., Alves I., Ambrosini G., Pedone P.A., Angelino P., Anisimova M., Appel R., Argoud-Puy G., Arnold K., Arpat B., Artimo P., Ascencao K., Auchincloss A., Axelsen K., Gerritsen V.B., Bairoch A., Bansal P., Baratin D., Barbato A., Barbie V., Barras D., Barreiro M., Barret S., Bastian F., Neto T.B., Baudis M., Beaudoing E., Beckmann J.S., Bekkar A.K., Ben Hamida Cammoun L., Benmohammed S., Bernard M., Bertelli C., Bertoni M., Bienert S., Bignucolo O., Bilbao A., Bilican A., Blank D., Blatter M.-C., Blum L., Bocquet J., Boeckmann B., Bolleman J.T., Bordoli L., Bosshard L., Bouchet G., Bougueleret L., Boutet E., Bovigny C., Bratulic S., Breuza L., Bridge A.J., Britan A., Brito F., Frazao J.B., Bruggmann R., Bucher P., Burdet F., Burger L., Cabello E.M., Gomez R.M.C., Calderon S., Cannarozzi G., Carl S., Casas C.C., Catherinet S., Perier R.C., Charpilloz C., Chaskar P.D., 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The SIB Swiss Institute of bioinformatics' resources: Focus on curated databases
Nucleic Acids Research, vol. 44, (no. D1), pp. D27-D37
2015
Szklarczyk D., Franceschini A., Wyder S., Forslund K., Heller D., Huerta-Cepas J., Simonovic M., Roth A., Santos A., Tsafou K.P., Kuhn M., Bork P., Jensen L.J., Von Mering C.
STRING v10: Protein-protein interaction networks, integrated over the tree of life
Nucleic Acids Research, vol. 43, (no. D1), pp. D447-D452
2014
Meier R., Franceschini A., Horvath P., Tetard M., Mancini R., von Mering C., Helenius A., Lozach P.-Y.
Genome-wide small interfering RNA screens reveal VAMP3 as a novel host factor required for uukuniemi virus late penetration
Journal of Virology, vol. 88, (no. 15), pp. 8565-8578
2014
Franceschini A., Meier R., Casanova A., Kreibich S., Daga N., Andritschke D., Dilling S., Ramo P., Emmenlauer M., Kaufmann A., Conde-Alvarez R., Low S.H., Pelkmans L., Helenius A., Hardt W.-D., Dehio C., Von Mering C.
Specific inhibition of diverse pathogens in human cells by synthetic microRNA-like oligonucleotides inferred from RNAi screens
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 111, (no. 12), pp. 4548-4553
2013
Franceschini A., Szklarczyk D., Frankild S., Kuhn M., Simonovic M., Roth A., Lin J., Minguez P., Bork P., Von Mering C., Jensen L.J.
STRING v9.1: Protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration
Nucleic Acids Research, vol. 41, (no. D1)
2012
Kuhn M., Szklarczyk D., Franceschini A., Von Mering C., Jensen L.J., Bork P.
STITCH 3: Zooming in on protein-chemical interactions
Nucleic Acids Research, vol. 40, (no. D1)
2011
Szklarczyk D., Franceschini A., Kuhn M., Simonovic M., Roth A., Minguez P., Doerks T., Stark M., Muller J., Bork P., Jensen L.J., Von Mering C.
The STRING database in 2011: Functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored
Nucleic Acids Research, vol. 39, (no. SUPPL. 1)
2009
Kuhn M., Szklarczyk D., Franceschini A., Campillos M., Von Mering C., Jensen L.J., Beyer A., Bork P.
STITCH 2: An interaction network database for small molecules and proteins
Nucleic Acids Research, vol. 38, (no. SUPPL.1)
2007
Masseroli M., Bellistri E., Franceschini A., Pinciroli F.
Statistical analysis of genomic protein family and domain controlled annotations for functional investigation of classified gene lists
BMC Bioinformatics, vol. 8, (no. SUPPL. 1)
2006
Maffezzoli A., Franceschini A., Bellistri E., Pinciroli F., Masseroli M.
Genomic functional investigation through statistical analysis of protein families and domains.
AMIA ... Annual Symposium proceedings / AMIA Symposium. AMIA Symposium
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