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La linea di ricerca in Genomic Sceince applica moderne tecnologie genomiche per una migliore comprensione dei processi biologici complessi e delle patologie, con particolare attenzione alle neoplasie.

La linea si trova all'interno del centro CGS@SEMM nel Campus IFOM-IEO di Milano, uno delle realtà più rilevanti a livello europeo per quanto riguarda la ricerca sul cancro. Il Centro fornisce piattaforme tecnologicamente all’avanguardia per la genomica funzionale e strutturale, e beneficia di tutte le infrastrutture, piattaforme tecnologiche e attività didattiche già presenti nel Campus IFOM-IEO. Il nostro programma di dottorato è integrato con quello di SEMM, Scuola Europea di Medicina Molecolare.

La missione del nostro Centro è quella di identificare i cambiamenti nel genoma che sono alla base dello sviluppo del cancro e di valutare l’effetto degli interventi terapeutici sull’organismo. Il nostro obiettivo generale è quello di ridurre i tratti patologici a livello molecolare, che potrebbero rappresentare marcatori di una determinata malattia o potenziali obiettivi di intervento farmacologico. Sfruttare questi marcatori e bersagli molecolari è fondamentale per sviluppare programmi strategici per la prevenzione, la diagnosi precoce e il trattamento di numerose patologie.

I nostri scienziati lavorano insieme in team, con strumentazione all'avanguardia e nuovi approcci concettuali. Nel programma in Genomica sperimentale vengono utilizzati modelli cellulari e animali per classificare gli stati genetici ed epigenetici inerenti allo sviluppo e al cancro. Il programma di Biologia Computazionale sta sviluppando metodi” in-house” per la generazione e l'analisi di dati genomici e epigenomici da piattaforme di sequenziamento di nuova generazione, gestiti dall'Unità Genomica. Infine, la nostra Unità di Screening sfrutta la potenza della tecnologia di siRNA per realizzare progetti di biologia di base.

Per maggiori informazioni, visita il nostro sito

Laboratories

Genomic Science co-dirige, insieme a IEO, un'unità, gestito da personale altamente qualificato, di genomica all'avanguardia. Gli strumenti includono due sequenziatori:  NovaSeq 6000 e HiSeq 2000 Illumina. Per le simulazione e gli studi computazionali delle unità di ricerca, la linea ha a disposizione un cluster  dotato di 336 cores e 1.2 PB di spazio d'archiviazione.

Attività

La nostra ricerca include quattro differenti unità:

Studiamo la funzione e la regolazione di RNA non codificante: microRNAs (miRNAs) e long non-coding RNA (lncRNAs). Dedichiamo particolare attenzione a come l'RNA regolatore struttura l'identità e le proprietà delle cellule staminali cancerose dei mammiferi durante la loro evoluzione. Il nostro studio si focalizza su processi come la resistenza alle terapie e al diffondersi delle metastasi.  

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Nel nostro gruppo ci occupiamo di combinare modelli animali geneticamente modificati (GEMMs) con lo screening genetico diretto e inverso per l'identificazione di alternazioni epigenetiche e trascrizionali alla base dell'insorgenza di patologie cancerose. 

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Il nostro gruppo adotta una approccio interdisciplinare, basato su modelli matematici di dati genomici, per studiare le dinamiche di trascrizione (inclusa la sintesi, la processazione e la degradazione dell'RNA) e come queste siano influenzate dalle modificazioni dell'RNA e da fattori cromatina-correlati nelle cellule cancerose.

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Il nostro gruppo sviluppa metodi computazionali e algoritmi per studiare la funzione e la regolazione delle molecole di RNA. In particola si focalizza sullo sviluppo di strategie analitiche basate sul Nanopore direct RNA sequencing (dsRNAseq)

Journal Covers

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Collaborazioni

  • Dr. Ana Marques, University of Lausanne - Lausanne, Switzerland
  • Dr. Davide De Petri Tonelli, IIT - Genova, Italy
  • Dr. Tiziana Bonaldi, IEO - Milan, Italy
  • Prof. Johannes Zuber, Research Institute of Molecular Biology (IMP) - Vienna, Austria
  • Prof. Pier Giuseppe Pelicci, IEO – Milan, Italy
  • Dr. Bruno Amati, IEO – Milan, Italy
  • Dr. Benedetto Grimaldi, IIT – Genova, Italy