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NSYN@Unige Genova

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Center for Synaptic Neuroscience (NSYN) Largo Rosanna Benzi 10, Padiglione IST Nord, Torre D
+39 010 5558 382

About

 

 Appointments

  • 11/2011-present - Researcher, Istituto Italiano di Tecnologia, Center for Synaptic Neuroscience (NSYN)
  • 1/2008-10/2011 - Postdoc (Research Associate), Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Chicago
  • 1/2005-12/2007 - Postdoc (Research Associate), Courant Institute of Mathematical Sciences, New York University 
  • 3/2004-10/2004 - Postdoc (Research Engineer), CECAM-ENS, Lyon

Education

  • 2004 Ph.D. Physics, Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia
  • 2000 Laurea (B.Sc.+M.Sc.) Physics, Università degli Studi di Roma La Sapienza

Projects

 

Structural modeling and Molecular Dynamics simulations of neuronal proteins

Rare events sampling in biomolecular simulations

Selected Publications

28) De novo mutations of the ATP6V1A gene cause developmental encelopathy with epilepsy
A. Fassio et al.
Brain, 2018, In press Journal
 
27) Effect of intercalated water on potassium ion transport through Kv1.2 channels studied via On-the-Fly Free-Energy Parametrization
S.A. Paz , L. Maragliano and C.F. Abrams 
J. Chem. Theory Comp., 2018,  In press Journal
 
26) A refined model of claudin-15 tight junction paracellular architecture by molecular dynamics simulations
G. Alberini, F. Benfenati and L. Maragliano
PLOS ONE, 2017, 12, e0184190. Journal 
 
25) A possible desensitized state conformation of the human α7 nicotinic receptor: A molecular dynamics study.
L. Chiodo, T.E. Malliavin, L. Maragliano and G. Cottone
Biophys. Chem., 2017. 229, 99-109 Journal 
 
24) Optogenetic Modulation of Intracellular Signalling and Transcription: Focus on Neuronal Plasticity. (Review)
C. Eleftheriou, F. Cesca, L. Maragliano, F. Benfenati, J.F. Maya-Vetencourt
J. Exp. Neurosci., 2017, 11, 1179069517703354. Journal  
 
23) A novel topology of proline-rich transmembrane protein 2 (PRRT2): hints for an intracellular function at the synapse
P. Rossi, B. Sterlini, E. Castroflorio, A. Marte, F. Onofri, F. Valtorta, L. Maragliano, A. Corradi and F. Benfenati
J. Biol. Chem., 2016, 291, 6111-23. Journal
 
22) Regulation of neural gene transcription by optogenetic inhibition of the RE1-silencing transcription factor
F. Paonessa, S. Criscuolo, S. Sacchetti, D. Amoroso, H. Scarongella, F. Pecoraro Bisogni, E. Carminati, G. Pruzzo, L. Maragliano, F. Cesca and F. Benfenati
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2016, 113, E91-100. Journal
 
21) Extended phase-space methods for enhanced sampling in molecular simulations: a review
H. Fujisaki, K. Moritsugu, Y. Matsunaga, T. Morishita and L. Maragliano
Front. Bioeng. Biotechnol., 2015, 3, 125. Journal  
 
20) A structural model of the human α7 nicotinic receptor in an open conformation 
L. Chiodo, T.E. Malliavin, L. Maragliano, G. Cottone and G. Ciccotti
PLOS ONE, 2015, 10, e0133011. Journal
 
19) Temperature accelerated molecular dynamics with soft-ratcheting criterion orients enhanced sampling by low-resolution information
I. Cortes-Ciriano, G. Bouvier, M. Nilges, L. Maragliano and T.E. Malliavin
J. Chem. Theory Comp., 2015, 11, 3446–3454. Journal
 
18) Identification and expression of acetylcholinesterase in Octopus vulgaris arm development and regeneration: a conserved role for AChE?
S.M. Fossati, S. Candiani, M.-T. Nodl, L. Maragliano, M. Pennuto, P. Domingues, F. Benfenati, M. Pestarino and L. Zullo 
Mol. Neurobiol., 2015, 52, 45-56 Journal
 
17) Functional role of ATP binding to Synapsin I in synaptic vesicle trafficking and release dynamics
M. Orlando, G. Lignani, L. Maragliano, A. Fassio, F. Onofri, P. Baldelli, S. Giovedì and F. Benfenati
J. Neurosci., 2014, 34, 14752-14768. Journal

16) Temperature Accelerated Molecular Dynamics gives insights into globular conformations sampled in the free state of the AC catalytic domain
E. Selwa, T. Huynh, G. Ciccotti, L. Maragliano and T.E. Malliavin
Proteins, 2014, 82, 2483–2496Journal
 
15) Conformational changes in acetylcholine binding protein investigated by Temperature Accelerated Molecular Dynamics
Z. M. Hoseyni, T.E. Malliavin, L. Maragliano, G. Cottone and G. Ciccotti
PLOS ONE, 2014, 9, e88555. Journal
 
14) Comparison of mean forces and swarms-of-trajectories string methods
L. Maragliano, B. Roux and E. Vanden-Eijnden
J. Chem. Theory Comp., 2014, 10, 524-533. Journal
 
13) Direct imaging of DNA fibers: the visage of double helix
F. Gentile, M. Moretti, T. Limongi, A. Falqui, G. Bertoni, A. Scarpellini, S. Santoriello, L. Maragliano, R. Proietti Zaccaria and E. Di Fabrizio
Nano Lett., 2012, 12, 6453–6458. Journal
 
12) Intermediate state trapping of a voltage sensor
J.J. Lacroix, S.A. Pless, L. Maragliano, F.V. Campos, J.D. Galpin, C.A. Ahern, B. Roux and F. Bezanilla
J. Gen. Physiol., 2012, 140, 635-652. Journal (Cover article)
 
11) Calculation of free energy landscape in multi-dimensions with hamiltonian-exchange Umbrella Sampling on petascale supercomputer
W. Jiang, Y. Luo, L. Maragliano and B. Roux
J. Chem. Theory Comp., 2012, 8, 4672-4680. Journal
 
10) “DFG-flip" in the insulin receptor kinase is facilitated by a helical intermediate state of the activation loop
H. Vashisth, L. Maragliano and C. F. Abrams
Biophys. J., 2012 , 102, 1979-1987. Journal
 
9) Mapping the network of pathways of CO diffusion in myoglobin
L. Maragliano, G. Cottone, G. Ciccotti and E. Vanden-Eijnden
J. Am. Chem. Soc., 2010, 132, 1010-1017. Journal
 
8) Free energy and kinetics of conformational transitions from Voronoi tessellated milestoning with restraining potentials 
L. Maragliano, E. Vanden-Eijnden and B. Roux
J. Chem. Theory Comp., 2009, 5, 2589-2594. Journal 
 
7) Single-sweep methods for free energy calculations
L. Maragliano, and E. Vanden-Eijnden
J. Chem. Phys., 2008, 128, 184110. Journal
 
6) On-the-fly string method for minimum free energy paths calculation
L. Maragliano and E. Vanden-Eijnden
Chem. Phys. Lett., 2007, 446, 182-190. Journal 
 
5) A temperature accelerated method for sampling free energy and determining reaction pathways in rare events simulations
L. Maragliano and E. Vanden-Eijnden
Chem. Phys. Lett., 2006, 426, 168-175. Journal
 
4) String method in collective variables: minimum free energy paths and isocommittor surfaces
L. Maragliano, A. Fischer, E. Vanden-Eijnden, and G. Ciccotti
J. Chem. Phys., 2006, 125, 024106. Journal
 
3) Experimental and simulative dissociation of dimeric Cu,Zn Superoxide Dismutase doubly mutated at the intersubunit surface
L. Maragliano, M. Falconi, A. Sergi, P. Cioni, S. Castelli, A. Lania, G. Strambini, M. Ferrario, and A. Desideri
Biophys. J., 2005, 88, 2875-2882. Journal
 
2) Effective binding force calculation in dimeric proteins
L. Maragliano, M. Ferrario, and G. Ciccotti
Mol. Sim., 2004, 30, 807-816. Journal

1) Atomic mean square displacements in proteins by Molecular Dynamics: a case for analysis of variance
L. Maragliano, G. Cottone, L. Cordone, and G. Ciccotti
Biophys. J., 2004, 86, 2765-2772. Journal

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I numeri di IIT

L’Istituto Italiano di Tecnologia (IIT) è una fondazione di diritto privato - cfr. determinazione Corte dei Conti 23/2015 “IIT è una fondazione da inquadrare fra gli organismi di diritto pubblico con la scelta di un modello di organizzazione di diritto privato per rispondere all’esigenza di assicurare procedure più snelle nella selezione non solo nell’ambito nazionale dei collaboratori, scienziati e ricercatori ”.

IIT è sotto la vigilanza del Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca e del Ministero dell'Economia e delle Finanze ed è stato istituito con la Legge 326/2003. La Fondazione ha l'obiettivo di promuovere l'eccellenza nella ricerca di base e in quella applicata e di favorire lo sviluppo del sistema economico nazionale. La costruzione dei laboratori iniziata nel 2006 si è conclusa nel 2009.

Lo staff complessivo di IIT conta circa 1440 persone. L’area scientifica è rappresentata da circa l’85% del personale. Il 45% dei ricercatori proviene dall’estero: di questi, il 29% è costituito da stranieri provenienti da oltre 50 Paesi e il 16% da italiani rientrati. Oggi il personale scientifico è composto da circa 60 principal investigators, circa 110 ricercatori e tecnologi di staff, circa 350 post doc, circa 500 studenti di dottorato e borsisti, circa 130 tecnici. Oltre 330 posti su 1400 creati su fondi esterni. Età media 34 anni. 41% donne / 59 % uomini.

Nel 2015 IIT ha ricevuto finanziamenti pubblici per circa 96 milioni di euro (80% del budget), conseguendo fondi esterni per 22 milioni di euro (20% budget) provenienti da 18 progetti europei17 finanziamenti da istituzioni nazionali e internazionali, circa 60 progetti industriali

La produzione di IIT ad oggi vanta circa 6990 pubblicazioni, oltre 130 finanziamenti Europei e 11 ERC, più di 350 domande di brevetto attive, oltre 12 start up costituite e altrettante in fase di lancio. Dal 2009 l’attività scientifica è stata ulteriormente rafforzata con la creazione di dieci centri di ricerca nel territorio nazionale (a Torino, Milano, Trento, Parma, Roma, Pisa, Napoli, Lecce, Ferrara) e internazionale (MIT ed Harvard negli USA) che, unitamente al Laboratorio Centrale di Genova, sviluppano i programmi di ricerca del piano scientifico 2015-2017.

IIT: the numbers

Istituto Italiano di Tecnologia (IIT) is a public research institute that adopts the organizational model of a private law foundation. IIT is overseen by Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca and Ministero dell'Economia e delle Finanze (the Italian Ministries of Education, Economy and Finance).  The Institute was set up according to Italian law 326/2003 with the objective of promoting excellence in basic and applied research andfostering Italy’s economic development. Construction of the Laboratories started in 2006 and finished in 2009.

IIT has an overall staff of about 1,440 people. The scientific staff covers about 85% of the total. Out of 45% of researchers coming from abroad 29% are foreigners coming from more than 50 countries and 16% are returned Italians. The scientific staff currently consists of approximately 60 Principal Investigators110 researchers and technologists350 post-docs and 500 PhD students and grant holders and 130 technicians. External funding has allowed the creation of more than 330 positions . The average age is 34 and the gender balance proportion  is 41% female against 59% male.

In 2015 IIT received 96 million euros in public funding (accounting for 80% of its budget) and obtained 22 million euros in external funding (accounting for 20% of its budget). External funding comes from 18 European Projects, other 17 national and international competitive projects and approximately 60 industrial projects.

So far IIT accounts for: about 6990 publications, more than 130 European grants and 11 ERC grants, more than 350 patents or patent applications12 up start-ups and as many  which are about to be launched. The Institute’s scientific activity has been further strengthened since 2009 with the establishment of 11 research nodes throughout Italy (Torino, Milano, Trento, Parma, Roma, Pisa, Napoli, Lecce, Ferrara) and abroad (MIT and Harvard University, USA), which, along with the Genoa-based Central Lab, implement the research programs included in the 2015-2017 Strategic Plan.