Il Bilancio è certificato da una società di revisione indipendente. IIT redige i propri bilanci secondo il principio della contabilità economico – patrimoniale, rilevando contributi e costi sulla base degli effettivi utilizzi, con relativo scostamento temporale fra acquisizione ed effettivo incasso finanziario dei progetti esterni (durata media 3 anni). 

Nel 2018 il finanziamento ricevuto dallo Stato, tramite il Ministero dell’Economia e delle Finanze, è stato di circa 91,5 milioni di euro, di cui circa l’80% è stato destinato alle attività tecnico-scientifiche. Le risorse finanziarie indipendenti provenienti dall’attività di fund raising ammontano a circa 254 milioni di euro dal 2006, di cui 182 milioni di euro in progetti competitivi, 54,8 milioni di euro in progetti commerciali e 17 milioni di euro in progetti in-kind.