Gli organi di governance della Fondazione sono strutturati come da immagine qui sotto:

ll Consiglio è formato da quindici membri di alta qualificazione, uno dei quali nominato Chairman, ha compiti di indirizzo ed approvazione delle principali strategie di sviluppo dell’Istituto. Ne fanno parte esponenti del settore scientifico, economico, dell’industria e della società civile. ll Consiglio assicura l’eccellenza della Fondazione e controlla l’utilizzo e l’allocazione delle risorse. Più specificatamente, propone linee d’indirizzo strategico e operativo, approva i programmi di lavoro a lungo termine, delibera i Regolamenti di funzionamento generali e valuta, periodicamente, i risultati ed il complessivo andamento della Fondazione. Può articolarsi in comitati, alle cui riunioni possono essere invitati anche membri esterni, non facenti parte del Consiglio. I componenti del Consiglio devono soddisfare i requisiti di indipendenza, integrità e professionalità e sono scelti, in funzione delle caratteristiche sopracitate, assicurando adeguata rappresentanza delle diverse categorie, nei settori della scienza, dell’economia, dell’industria e della società civile. I membri del Consiglio durano in carica quattro anni e possono essere confermati per una volta soltanto. Alle nuove nomine ovvero alle conferme provvede il Consiglio stesso. Possono far parte del consiglio 3 ulteriori membri onorari, senza diritto di voto. I membri del Consiglio non possono essere inseriti in altri organi o strutture operative della Fondazione.

Il Comitato Esecutivo è formato da cinque membri (il Presidente, il Direttore Scientifico ed altri tre componenti), è responsabile delle attività di ordinaria e straordinaria amministrazione. I membri del Comitato Esecutivo sono nominati dal Consiglio per un periodo sino a 5 anni, e sono rinnovabili. Il Comitato Esecutivo, tra l’altro, rimette al Consiglio per approvazione i piani strategici, redige e approva il budget annuale e sottopone al Collegio Sindacale e al Consiglio, per quanto di competenza, il bilancio d’esercizio; emana e modifica linee guida e policies operative, formula al Consiglio proposte di modifica dei Regolamenti di funzionamento generale; nomina, sentito il Direttore Scientifico, il Direttore Generale e i responsabili delle funzioni amministrative e delle strutture di ricerca.

Il Presidente è il rappresentante legale della fondazione. Presiede il Comitato Esecutivo e gestisce le relazioni con il Consiglio; supervisiona le performance dell'Istituto attraverso la coordinazione delle funzioni designate; si interfaccia con gli organi di supervisione istituzionale e amministrativa.

Il Direttore Scientifico è il responsabile dell’attuazione delle strategie e della gestione operativa dell’Istituto attraverso la definizione del piano scientifico, il coordinamento delle funzioni scientifiche e amministrative, l’attuazione delle delibere del Comitato Esecutivo. Il Direttore Scientifico è soggetto a valutazione annuale da parte del Comitato Tecnico Scientifico e del Consiglio.

Il Direttore Generale è nominato dal Comitato Esecutivo, sentito il Direttore Scientifico, ed è responsabile delle attività di amministrazione, finanza e controllo e delle eventuali ulteriori attività specificamente delegate dal Comitato Esecutivo.

Il Collegio Sindacale è composto da tre membri effettivi, di cui uno con funzioni di Presidente, vigila sull'osservanza della legge e delle regole interne e sulla corretta tenuta delle scritture contabili, esprimendo le proprie valutazioni al Consiglio. Il mandato dei membri del Collegio Sindacale dura cinque anni ed è rinnovabile per una volta soltanto.

Il Comitato Tecnico Scientifico, svolge una funzione consultiva generale e di valutazione tecnico-scientifica per le attività di ricerca svolte dalla Fondazione; esprime pareri e valutazioni al Presidente e al Comitato Esecutivo: (i) sulla qualità e rilevanza scientifica, ed eventualmente tecnologica ed industriale, di programmi di ricerca e di ulteriori iniziative scientifiche e tecnologiche; (ii) sul piano strategico: (iii) sull’allocazione dei fondi verificando la congruità delle richieste di finanziamento e analizzando la coerenza delle proposte con la strategia complessiva della Fondazione; (iv) sullo stato di avanzamento dei progetti di ricerca. Il CTS riporta al Presidente della Fondazione e, funzionalmente, attraverso il Presidente, al Comitato Esecutivo. I membri del CTS sono nominati dal Presidente della Fondazione IIT, sentito il Comitato Esecutivo, per periodi sino a 5 anni e possono essere riconfermati. il CTS è composto fino ad un massimo di 20 membri, esterni alla Fondazione, scelti fra esponenti della comunità scientifica e tecnologica e del mondo industriale e professionale, con alta qualificazione nelle materie di riferimento della Fondazione, rilevante esperienza e riconosciuta autorevolezza.