La Fondazione IIT ha strutturato l'organizzazione delle proprie attività di ricerca in Dipartimenti situati a Morego, nel Central Research Lab (CRL)  e in nove centri di ricerca localizzati in altrettante sedi sul territorio italiano

Il CRL è concepito come una struttura dedicata alle attività di ricerca sperimentale con una spiccata propensione alla multidisciplinarietà. Esso si trova nelle vicinanze dell'aeroporto di Genova e a 15 minuti dal suo centro. L'edificio è suddiviso su 5 piani e copre complessivamente 30000 mq di superficie (inclusi gli spazi esterni). Le dotazioni infrastrutturali sono complete di generatore, gruppi di continuità, impianti di aria condizionata, servizi, etc.

I Centri IIT costituiscono uno strumento fondamentale per l’ampliamento del portafoglio degli obiettivi di ricerca previsto dal piano strategico 2009-2011. Logisticamente si trovano presso realtà accademiche e scientifiche di eccellenza e sono parte integrante dell’organizzazione nazionale dell’IIT, permettendo così di collaborare, con personale di ricerca proprio e strumentazione all’avanguardia, con il sistema di ricerca nazionale.