• Gruppo Walter Rocchia D.Farina  2017 IIT 9289
  • Rocchia 3338 © 2016 IIT 4572
  • BlobbyCavity Rocchia2 4555 © 2016 IIT 4570

 

Il Laboratorio CONCEPT è attivo dal 2014 ed è localizzato nei laboratori della sede centrale di Genova. Qui collaborano a stretto contatto ricercatori con diverse competenze, dalla chimica all’ingegneria, con lo scopo di favorire la trasformazione di idee e modelli innovativi in implementazioni altamente efficienti dal punto di vista computazionale.

Al momento, ci stiamo muovendo in tre principali direzioni:

  • Sviluppare nuovi algoritmi per accelerare la simulazione di processi di rilevanza farmaceutica e biologica, come l’interazione tra proteine e candidati farmaci;
  • Migliorare la descrizione dell’elettrostatica in sistemi dalla nanoscala alla mesoscala mediante metodi di solvente implicito o di modellistica dei continui, con particolare attenzione rivolta alla descrizione e calcolo delle superfici molecolari;
  • Sviluppare metodi di machine learning ad elevata scalabilità, volti all’analisi delle grandi moli di dati prodotte in simulazioni di dinamica molecolare dell’ordine di microsecondi o più lunghe.

Laboratori

Il nostro gruppo è attualmente composto, oltre che dal PI, da tre post-doc e un dottorando.Portiamo avanti i nostri calcoli su workstation di calcolo dotate di CPU multi-core o su architetture miste CPU-GPU e su un cluster di calcolo interno. Abbiamo anche accesso all’infrastruttura del più grande centro pubblico italiano di supercalcolo (CINECA) grazie anche all’iniziativa PRACE.

Progetti

  • In 2010: 5-year NIH grant (as Co-Investigator) “DelPhi: Software for Electrostatic Modeling of Biomolecules and Objects”.
  • In 2013: MOST-MAE bilateral Italy-Israel grant (as PI) “A comprehensive structure-based approach for identifying novel pathogen-specific drug targets"

Collaborazioni

  • Honig’s Lab (Columbia University, USA) – modellistica dell’elettrostatica dei mezzi continui, sviluppo e miglioramento del solutore dell’equazione di Poisson-Boltzmann DelPhi;
  • CNR-IMATI (ITA), aspetti geometrici delle superfici molecolari e analisi di dati.
  • Kosloff Lab (ISRAEL), progetto legato ad un finanziamento bilaterale Italia-Israele, con lo scopo di trovare nuove strategie

Start up

Walter Rocchia è co-fondatore di BiKi Technologies, una spin-off IIT costituita in Maggio 2014. BiKi include un team multidisciplinare di ingegneri del software, chimici computazionali e biochimici che lavorano nell’interfaccia tra ricerca di base e applicata, fornendo soluzioni computazionali innovative alle compagnie farmaceutiche e biotecnologiche (http://www.bikitech.com/)