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CGS@SEMM Milano

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Center for Genomic Science of IIT@SEMM Fondazione Istituto Italiano di Tecnologia Via Adamello 16

About

2/2012-present
Researcher, Center for Genomic Science of IIT@SEMM, Istituto Italiano di Tecnologia at the IFOM-IEO campus, Italy
 
9/2008-12-2011
Postdoctoral Researcher, Theoretical Biology group, University of Glasgow, UK
 
11/2007-4/2008:
Postdoctoral Researcher, Biochemical Networks group at AMOLF Institute, Amsterdam, The Netherlands
 
Ph.D. in Biophysics – October 2007
AMOLF Institute, Amsterdam, The Netherlands
Thesis: Fluctuations in Genetic Networks: a Computational Study
Advisors: Prof. D. Frenkel and Prof. P.R. ten Wolde
 
Laurea (M.Sc.) in Physics (full grade 110/110 cum laude) – June 2002
University of Pavia, Italy
Thesis: Stochastic Processes and Neural Networks to Model Complex Systems
Advisors: Prof. G. Montagna and Prof. O. Nicrosini

Selected Publications

17) I. Barozzi, P.Bora, M.J. Morelli: “Comparative evaluation of DNAse-seq footprint identification strategies”, Frontiers in Genetics, 5, 278 (2014).

16) A. Sabo, T.R. Kress, M. Pelizzola, S. de Pretis, M.M. Gorski, A. Tesi, M.J. Morelli, P. Bora, M. Doni, A. Verrecchia, C. Tonelli, G. Faga, V. Bianchi, A. Ronchi, D. Low, H. Muller, E. Guccione, S. Campaner, B. Amati: “Selective transcriptional regulation by cellular growth control and lymphomagenesis”, Nature, 511, 488 (2014).

15) R. Orton, C. Wright, M.J. Morelli, N. Juleff, G. Thebaud, N.J. Knowles, B. Valdazo-Gonzalez, D.J. Paton, D.P. King, D.T. Haydon "Observing micro-evolutionary processes of viral populations at multiple scales", Philosophical Transaction of the Royal Society B, 368, 1614 (2013).

14)    M.J. Morelli, C.F. Wright, N.J. Knowles, D.J. Paton, D.P. King, D.T. Haydon: “Evolution of foot-and-mouth disease virus intra-sample sequence diversity during serial transmission in bovine hosts”, Veterinary Research, 44, 1 (2013).

13)    M.J. Morelli, G. Thebaud, D.P. King, J. Chadoeuf, D.T. Haydon, S. Soubeyrand: “A Bayesian framework to reconstruct transmission trees using genetic and epidemiological data”, PLoS Computational Biology 8 (11) e1002768 (2012).

12)    F. Martinez, G. Lafforgue, M.J. Morelli, N.H. Chua, J. Daros, S.F. Elena, Population Dynamics of Virus Escape Mutant in RNAi-mediated Resistant Plants at 10-5 Resolution, Molecular Biology and Evolution, 29, 3297-3307 (2012)

11)    M.J. Morelli, R.J. Allen. P.R. ten Wolde: “Effects of macromolecular crowding on genetic switches”, Biophysical Journal, 101, 2882-2891 (2011)

10)    M.J. Morelli, C.F. Wright, N.J. Knowles, G. Thebaud, P. Herzyk, D. J. Paton, D.T. Haydon, D.P. King: “Beyond the consensus: dissecting within-host viral population diversity of foot-and-mouth disease virus using next-generation genome sequencing”, Journal of Virology, 85, 2266-2275 (2011).

9)    G. Thebaud, J. Chadoeuf, M.J. Morelli, J.W. McCauley, and D.T. Haydon: “The relationship between mutation frequency and replication strategy in positive-sense single-stranded RNA viruses”, Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences 277, 1682, 809-817 (2010).

8)    M.J. Morelli, P.R. ten Wolde, R.J. Allen: “Modeling the bacteriophage lambda switch: DNA looping causes stability and robustness”, Proceedings of the National Academy of Science USA, 20, 8101-8106 (2009).

7)    M.J. Morelli, P.R. ten Wolde: “Reaction Brownian dynamics and the effect of spatial fluctuations on the gain of a push-pull network”, Journal of Chemical Physics, 129, 054112 (2008).

6)    M.J. Morelli, R.J. Allen, S. Tanase-Nicola, P.R. ten Wolde, "Eliminating fast reactions in stochastic simulations of biochemical networks: a bistable genetic switch", Journal of Chemical Physics, 128, 045105 (2008).

5)M.J. Morelli, R.J. Allen, S. Tanase-Nicola, P.R. ten Wolde, "Reaction coordinates for the flipping of genetic switches", Biophysical Journal, 94, 3413 (2008).

4)C. Valeriani, M.J. Morelli, R.J. Allen, P.R. ten Wolde, D. Frenkel: “Computing stationary distributions in equilibrium and nonequilibrium systems with Forward Flux Sampling”, Journal of Chemical Physics, 127, 114109 (2007). Selected for the Virtual Journal of Biological Physics Research, 14, Oct 1st 2007

3)J.S. van Zon, M.J Morelli, P.R. ten Wolde, "Diffusion of transcription factors enhances the noise in gene expression", Biophysical Journal, 91, 4350 (2006).

2)M.J. Morelli, G. Montagna, O. Nicrosini, M. Treccani, M. Farina, P. Amato, "Pricing financial derivatives with neural networks", Physica A, 338, 160 (2004).

1)G. Montagna, M.J. Morelli, O. Nicrosini, P. Amato, M. Farina: "Pricing financial derivatives by path integral and neural networks", Physica A, 324, 189 (2003).

Awards

Co-investigator on the BBSRC grant proposal “Beyond the consensus: defining the significance of FMDV viral sequence diversity”, awarded in October 2011

Winner of the British Society of Animal Science Travel grant, January 2010

Winner of 3 High Performance Computing Europa grants for a total of 13 week stay at the University of Edinburgh, UK: August-September 2006, December 2006-February 2007 and January-March 2008.

Winner of the Golden Overhead Projector - First Prize for the best talk - Complex Systems Summerschool, Dwingeloo, The Netherlands, September, 16-19, 2004.

3 times winner of the IUSS award for being among the 5 best students in the IUSS scientific class: 1999-2000-2001

1997-2001: Member of the Almo Collegio Borromeo: center of excellence in the University of Pavia. Students are selected with an entrance exam and must score an average grade of 27/30 every year

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I numeri di IIT

L’Istituto Italiano di Tecnologia (IIT) è una fondazione di diritto privato - cfr. determinazione Corte dei Conti 23/2015 “IIT è una fondazione da inquadrare fra gli organismi di diritto pubblico con la scelta di un modello di organizzazione di diritto privato per rispondere all’esigenza di assicurare procedure più snelle nella selezione non solo nell’ambito nazionale dei collaboratori, scienziati e ricercatori ”.

IIT è sotto la vigilanza del Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca e del Ministero dell'Economia e delle Finanze ed è stato istituito con la Legge 326/2003. La Fondazione ha l'obiettivo di promuovere l'eccellenza nella ricerca di base e in quella applicata e di favorire lo sviluppo del sistema economico nazionale. La costruzione dei laboratori iniziata nel 2006 si è conclusa nel 2009.

Lo staff complessivo di IIT conta circa 1440 persone. L’area scientifica è rappresentata da circa l’85% del personale. Il 45% dei ricercatori proviene dall’estero: di questi, il 29% è costituito da stranieri provenienti da oltre 50 Paesi e il 16% da italiani rientrati. Oggi il personale scientifico è composto da circa 60 principal investigators, circa 110 ricercatori e tecnologi di staff, circa 350 post doc, circa 500 studenti di dottorato e borsisti, circa 130 tecnici. Oltre 330 posti su 1400 creati su fondi esterni. Età media 34 anni. 41% donne / 59 % uomini.

Nel 2015 IIT ha ricevuto finanziamenti pubblici per circa 96 milioni di euro (80% del budget), conseguendo fondi esterni per 22 milioni di euro (20% budget) provenienti da 18 progetti europei17 finanziamenti da istituzioni nazionali e internazionali, circa 60 progetti industriali

La produzione di IIT ad oggi vanta circa 6990 pubblicazioni, oltre 130 finanziamenti Europei e 11 ERC, più di 350 domande di brevetto attive, oltre 12 start up costituite e altrettante in fase di lancio. Dal 2009 l’attività scientifica è stata ulteriormente rafforzata con la creazione di dieci centri di ricerca nel territorio nazionale (a Torino, Milano, Trento, Parma, Roma, Pisa, Napoli, Lecce, Ferrara) e internazionale (MIT ed Harvard negli USA) che, unitamente al Laboratorio Centrale di Genova, sviluppano i programmi di ricerca del piano scientifico 2015-2017.

IIT: the numbers

Istituto Italiano di Tecnologia (IIT) is a public research institute that adopts the organizational model of a private law foundation. IIT is overseen by Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca and Ministero dell'Economia e delle Finanze (the Italian Ministries of Education, Economy and Finance).  The Institute was set up according to Italian law 326/2003 with the objective of promoting excellence in basic and applied research andfostering Italy’s economic development. Construction of the Laboratories started in 2006 and finished in 2009.

IIT has an overall staff of about 1,440 people. The scientific staff covers about 85% of the total. Out of 45% of researchers coming from abroad 29% are foreigners coming from more than 50 countries and 16% are returned Italians. The scientific staff currently consists of approximately 60 Principal Investigators110 researchers and technologists350 post-docs and 500 PhD students and grant holders and 130 technicians. External funding has allowed the creation of more than 330 positions . The average age is 34 and the gender balance proportion  is 41% female against 59% male.

In 2015 IIT received 96 million euros in public funding (accounting for 80% of its budget) and obtained 22 million euros in external funding (accounting for 20% of its budget). External funding comes from 18 European Projects, other 17 national and international competitive projects and approximately 60 industrial projects.

So far IIT accounts for: about 6990 publications, more than 130 European grants and 11 ERC grants, more than 350 patents or patent applications12 up start-ups and as many  which are about to be launched. The Institute’s scientific activity has been further strengthened since 2009 with the establishment of 11 research nodes throughout Italy (Torino, Milano, Trento, Parma, Roma, Pisa, Napoli, Lecce, Ferrara) and abroad (MIT and Harvard University, USA), which, along with the Genoa-based Central Lab, implement the research programs included in the 2015-2017 Strategic Plan.