L'Amministrazione della Fondazione si compone di funzioni che rispondono alle esigenze legate a tutti gli aspetti amministrativi dell'istituto, garantendo una gestione snella, in rapporto alle dimensioni della struttura nel suo complesso, delle problematiche gestionali o relative al rapporto con il mondo scientifico.
In particolare:
La Direzione Amministrativa coordina lo svolgimento degli adempimenti contabili, civilistici e fiscali della Fondazione sia per la sede centrale che per le unità della rete periferica e si divide in Ufficio Contabilità Generale e Tesoreria (gestione contabile e fiscale; tesoreria operativa); Ufficio Acquisti (coordinamento della pianificazione degli acquisti; operazioni di acquisto e gestione del magazzino); Ufficio Coordinamento Rete (coordinamento dei presidi amministrativi dei poli della rete esterna e attività correlate).
L'Ufficio Gestione del Personale coordina tutte le attività che attengono le risorse umane e si divide in Nucleo Amministrazione del Personale (gestione dei contratti, delle retribuzioni e fiscalità, degli adempimenti amministrativi di dipendenti e collaboratori; rapporti con enti previdenziali ed assicurativi; supporto alla selezione del personale) e Nucleo Valutazione e MBO (definizione dei processi e delle modalità di applicazione degli obiettivi al personale di ricerca ed amministrativo; coordinamento del processo annuale di valutazione del personale).
L'Ufficio Legale gestisce gli affari legali della Fondazione, analizzando tutti gli accordi e i contratti da essa stipulati ed assistendo nei contenziosi.
Il Management Control Office coordina la gestione del patrimonio informativo gestionale della Fondazione e l'allineamento di processi, struttura organizzativa, sistemi informativi gestionali e coordina la pianificazione e il reporting operativo e gestionale. Di questa funzione fanno parte, il Nucleo Organizzazione e processi (gestione e formalizzazione dell'assetto organizzativo della Fondazione nella documentazione e aggiornamento dei processi; interfaccia tra i sistemi informativi gestionali e le unità, manutenzione del repository generale dei progetti della Fondazione, supporto al monitoraggio dell'avanzamento dei progetti attinenti le attività amministrative); il Nucleo Sistemi Informativi Gestionali (pianificazione, gestione e manutenzione dei sistemi applicativi gestionali); l'Ufficio Pianificazione e Controllo di Gestione (redazione del budget; predisposizione, monitoraggio e analisi reporting di controllo).
Il Nucleo Segreteria Amministrativa garantisce il supporto segretariale della struttura amministrativa e coordina la gestione dei viaggi e delle spese di missione.
L'Ufficio Segreteria Scientifica gestisce i rapporti con le altre istituzioni scientifiche, anche nella stipula di accordi e convenzioni, e coordina i rapporti con le segreterie scientifiche dei poli di rete. All'interno opera il Web Master che implementa l'immagine grafica della Fondazione, internamente ed esternamente, e gestisce il sito web istituzionale e la intranet.
L'Ufficio Tecnico coordina i lavori edili e di ristrutturazione delle sedi, monitorandone l'avanzamento, gestisce la sicurezza sul lavoro, i servizi generali e la manutenzione degli edifici.
Il Nucleo Reti e Telecomunicazioni gestisce la rete fisica telematica e la connettività della Fondazione, fornendo supporto alle unità di ricerca.
L' Ufficio Progetti si occupa della rendicontazione e gestione amministrativa dei progetti finanziati dall'Unione Europea e da altri finanziatori.
