L'IIT si è dotato di un sistema organizzativo e di governance ispirato ai modelli di funzionamento delle principali istituzioni scientifiche attive a livello internazionale.
Il modello di governance dell'Istituto è stato infatti scelto e strutturato sulla base di un'analisi comparativa di 7 centri di ricerca internazionali di eccellenza - Max Plank Institute, Fraunhofer e TNO in Europa; MIT, Scripps, Caltech in Usa; Waseda in Giappone - con il preciso scopo di dare vita ad un modello operativo in grado di agevolare lo svolgimento dell'attività scientifica ottimizzando il rendimento delle risorse impiegate e dei finanziamenti a disposizione.
Entrando nel dettaglio, il modello organizzativo dell'IIT si fonda sui seguenti principi base: l'autonomia della ricerca, una definizione chiara e puntuale delle responsabilità, la flessibilità operativa, la valutazione costante dei risultati ottenuti attraverso organi di controllo indipendenti. In conformità ai criteri sopra descritti, il modello organizzativo implementato prevede che la gestione e la conduzione delle attività della Fondazione siano delegate a degli organi di controllo autorevoli e indipendenti.
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